第一階段: 基本治療

先做完善且詳細的牙周病檢查。醫師以器械深入到牙齦發炎的底部，徹底清潔牙齒表面與深部的髒東西，包括牙菌斑、牙結石及已被污染的齒質，並教導口腔衛生如何維護，這樣發炎流血的牙周組織才能緊貼牙根表面，恢復健康。同時輔助一些治療:包括:牙齦下沖洗、牙菌斑抑菌凝膠、牙周病指數評估、牙齒填補及假牙套邊緣整形、不適當的根管治療須重新治療、咬合調整、美觀區牙齒美白(mechanical method)、牙周雷射…等等。牙周病療程可能要花上二~三個月的時間，以便觀察牙周組織經清除後牙齦改善的狀況，再評估要不要手術的處理，大多數的牙周病患者經此階段治療已將發炎情況做了很大的改善。

第二階段: 牙周手術

牙周病的治療，不一定需要手術，基本的治療可解決輕度到中度的牙周病，中度至重度牙周病就有需要手術，牙周病手術是個小手術，不需要住院，手術後一般只會有輕微的不舒服，醫師及助理會教導如何保護及保養術後的傷口，通常不影響生活作息。

第三階段: 定期保養，也稱為支持性牙周治療

牙周病的積極治療後.每隔一段時間後便需要做定期回診和保養，才永保牙周健康，另一方面如果有疾病的復發的情形，可早期發現治療